I Porkalas naturskyddsområde växer en blandskog som hör till det tempererade klimatet. Porkala som huvudsakligen omfattar barrskog och klippor har en mångfaldig natur då landskapet inom det begränsade området ändras från gamla naturskogar till karga skär. Över 40 utrotningshotade naturtyper har kartlagts i området. Fläckvisa och sällsynta naturtyper såsom lundar, olika sumpmarkstyper och vårdbiotoper ger variation och berikar områdets mångfald ytterligare.

Dolt bland skogarna och klipporna

Området är välkänt bland fågelskådarna eftersom många fågelarters flyttstråk går över Porkala udd. Det häckande fågelbeståndet däremot är relativt typiskt, dock rikligt. Ejdrar, gråtrutar, knölsvanar, vitkindade gäss och grå gäss häckar på områdets skär. Därtill häckar den utrotningshotade roskarlen och rödbenan i området. I området finns en riklig hjortdjursstam, så man kan se älgar och rådjur beta på ängarna i morgon- och kvällsskymningen.

Stora havsdäggdjur kan man observera med god tur eftersom gråsälar tycker om att använda områdets skär som rastplatser. Vårt enda flygande däggdjur, flygekorren däremot rör sig nattetid inom sina revir i skyddsområdet östra delar.

Den utrotningshotade stallörten, som hör till ärtväxterna, stretar på i de yttersta gränserna av sitt utbredningsområde på Söderskär. Den ljusrött blommande stallörten trivs här i norr på havsstrandsängar och har inga taggar. Därtill har man i undersökningar hittat glänsande förekomster av den utrotningshotade platta spretmossan vid Telegrafberget. Det verkar som om många nära hotade mossarter frodas på klipporna, i de gamla skogarna och på saltfläckarna i Porkala.
 

Bandtångsängarna som svajar under havsytan

Arterna i Porkala naturskyddsområde påverkas särskilt av havsbottnets geologi, vindförhållandena och salthalterns ändringar. Porkala udd sträcker sig långt ut i Finska viken och utsätts därför för slitage orsakat av vind och vågor. Uddens arter är därför till stor del typiska för yttre skärgården.
Havsbottnet är brokigt, vilket ökar artrikedomen.
Områdets många rev, alltså klippornas och stenarnas upphöjningar i havsbottnet samt öarna och skären bildar en mosaik av olika livsmiljöer där naturens mångfald blomstrar. Vid grunt vatten kan man klart se zoneringen där vissa algarter frodas på olika djup och bildar ett mångfaldigt organismsamhälle. Bottnet är huvudsakligen berg eller sten, men i vissa områden även grus och sand. Därmed är artrikedomen ännu större.  

Typiska undervattensarter för området är blåmusslan, blåstången, bandtången, storsärven och olika rödalger. Dessa arter erbjuder också en livsmiljö för många andra arter. Bandtången är mycket sällsynt i Finska viken, men i naturskyddsområdets vatten växer den i blomstrande ängar.
Blåmusslan är en vanlig art i Östersjön som kräver en tillräckligt hög och stadig salthalt för att frodas.
Eftersom salthalten i Porkala varierar växlas blåmusslans förekomst och den täcker därför inte helt havsbottnet. Detta leder till att det finns växtutrymme för olika alger. Blåmusslan frodas ändå bra i området och den upprätthåller tillika livsmiljön för andra arter och är bl.a. ejderns huvudsakliga näring. Som helhet är naturens mångfald därmed stor i området.