Porkkalan luonnonsuojelualue on lauhkean vyöhykkeen sekametsää. Pääosin havumetsävaltainen ja kallioinen Porkkala on luonnoltaan monipuolinen, sillä suppealla alueella maisema muuttuu vanhoista luonnonmetsistä karuihin luotoihin. Uhanalaisia luontotyyppejä on kartoitettu alueelta yli 40. Laikuittaiset harvinaisiksi käyneet luontotyypit, kuten lehdot, eri suotyypit ja perinnemaisemat tuovat vaihtelevuutta ja näin rikastavat entisestään alueen monimuotoisuutta.

Metsien ja kallioiden kätköissä

Alue on hyvin tunnettu lintutarkkailijoiden keskuudessa, sillä monen linnun muuttoreitti käy Porkkalanniemen ylitse. Pesimälinnusto sen sijaan on varsin tyypillinen, joskin runsas; haahkat, harmaalokit, kyhmyjoutsenet, valkoposkihanhet ja merihanhet pesivät alueen luodoilla. Lisäksi alueella pesii uhanalainen karikukko ja punajalkaviklo. 

Alueella on runsas hirvieläinkanta, joten hirven tai kauriin voi nähdä niityillä laiduntamassa aamu- tai iltahämärissä. Suuria merinisäkkäitäkin voi hyvällä onnella havaita, sillä hallit eli harmaahylkeet suosivat alueen luotoja levähdyspaikkoinaan. Ainoa liitävä nisäkkäämme liito-orava puolestaan liikkuu öisin reviirillään suojelualueen itäosissa. 

Hernekasveihin kuuluva uhanalainen kenttäorakko sinnittelee elinalueensa äärirajoilla Söderskärin saarella. Vaaleanpunaiset kukat kasvattavan kenttäorakon nimi on kotimaisissa kasvuoloissa hieman harhaanjohtava, sillä täällä pohjoisessa kasvi viihtyy joutomaakenttien sijaan merenrantaniityillä, eikä kasvata piikkejä eli oria varteensa. 

Lisäksi selvityksissä on löydetty uhanalaisen korpihohtosammalen kiiltäviä esiintymiä Telegrafbergetiltä. Näyttäisi siltä, että moni silmälläpidettävä sammallaji viihtyy kallioiden, vanhojen metsien ja suolaikkujen täplittämässä Porkkalassa.

 

Veden alla huojuvat meriajokasniityt

Porkkalan luonnonsuojelualueen eliölajistoon vaikuttavat erityisesti merenpohjan geologia, tuuliolosuhteet ja suolapitoisuuksien vaihtelut. Porkkalanniemi on pitkälle Suomenlahteen ulottuva niemi, joka on altis tuulelle ja aaltojen kulutukselle. Sen lajit ovat näin ollen paljolti ulkosaaristolle tyypillisiä.

Merenpohjan koostumus on kirjava, mikä kasvattaa lajirunsautta. Alueen useat riutat eli kallioiden ja kivien kohoumat merenpohjassa sekä saaret ja luodot tuovat erilaisten elinympäristöjen mosaiikin, jossa luonnon monimuotoisuus kukoistaa. Matalikoilla on erotettavissa selkeää vyöhykkeisyyttä, jossa tietyt levälajit menestyvät eri syvyyksillä ja muodostavat monimuotoisen eliöyhteisön. Pohja on pääosin kalliota tai kiviä, mutta joissain paikoissa myös soraa tai hiekkaa. Näin ollen lajirunsaus on entistä suurempaa.  

Tyypillisiä vedenalaisia lajeja alueella ovat sinisimpukka, rakkohauru eli rakkolevä, meriajokas, isohaura ja erilaiset punalevät. Nämä lajit tarjoavat samalla elinympäristön monelle muulle lajille. Meriajokas on Suomenlahdella hyvin harvinainen, mutta luonnonsuojelualueen vesistä sitä löytyy kukoistavina niittyinä.
Sinisimpukka on yleinen Itämeren laji, joka vaatii riittävän korkean ja tasaisena pysyvän suolapitoisuuden menestyäkseen. Porkkalan heilahtelevassa suolapitoisuudessa sen esiintymistiheys vaihtelee, eikä se pääse kauttaaltaan peittämään merenpohjaa. Tällä tavalla erilaisille leville vapautuu kasvutilaa. Sinisimpukka kuitenkin menestyy alueella hyvin ja ylläpitää samalla elinympäristöjä muille lajeille ja on muun muassa haahkan pääasiallista ravintoa. Kokonaisuutena luonnon monimuotoisuus on näin alueella suuri.

Itämeren rehevöityminen uhkaa alueen eliöstöä. Luonnonsuojelualueen merenpohja on pysynyt suhteellisen hyvässä kunnossa, mutta merkkejä rehevöitymisestä näkyy erityisesti suojaisissa lahdissa. Itämeren ravinnekuormituksen vähentäminen on kansainvälisesti tärkeä asia, johon voi jokainen omalta osaltaan vaikuttaa.